Под руководством проф.А.А.Афонина, проф.С.Б.Бережанской проведены многолетние фундаментально-прикладные исследования, связанные с изучением патогенетических механизмов формирования перинатальных поражений центральной нервной системы у новорожденных и их последствий у детей раннего возраста (к.м.н.Н.Н.Вострых; к.м.н.С.Е.Авилов; к.м.н.В.В.Строгулин; к.м.н.А.Я.Бабиянц; к.м.н. А.С.Тодорова; к.м.н.Д.И.Созаева), врожденных пороков у детей (к.м.н.С.С.Амелина,  к.м.н.К.И.Лазарева), транзиторных дисфункций щитовидной железы (к.м.н.А.Г.Черных),  врожденного и адаптивного иммунитета у новорожденных с герпесвирусной инфекцией (д.м.н.Л.В.Кравченко, к.м.н.А.Ю.Левкович). Большой вклад в практическое здравоохранение внесли работы А.А.Афонина по адаптации и развитию детей, рожденных женщинами с индуцированной беременностью, страдавших бесплодием эндокринного генеза, что позволило разработать программу дифференцированного диспансерного наблюдения. Важным направлением научных исследований проф.А.А.Афонина, проф.С.Б.Бережанской, д.м.н.В.А.Поповой явилась разработка программ диспансерного наблюдения за детьми, проживающими в экологически неблагоприятных районах, в том числе, родившихся в семьях участников ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. В области детской эндокринологии многолетние исследования проф.А.А.Афонина и его учеников (д.м.н. О.З.Пузикова, д.м.н. Г.А.Галкина, к.м.н. Н.В.Морозова, к.м.н. М.В.Комкова) позволили впервые сформулировать клинико-патогенетическую концепцию  развития диабетической энцефалопатии и периферической полинейропатии у детей и подростков, страдающих сахарным диабетом 1 типа. Разработаны методы ранней диагностики и прогноза формирования метаболических нарушений у детей с ожирением и избыточной массой тела (к.м.н.О.А.Постельная) на основании изучения качественных и количественных характеристик организации ночного сна и исследования экскреции мелатонина.

В 2010 году на базе ФГУ «Ростовский научно-исследовательский институт акушерства и педиатрии» по инициативе директора института, д.м.н., профессора В.А.Линде создан Центр матери и ребенка "Сахарный диабет". Одной из  задач Центра является проведение научных изысканий в области усовершенствования оказания высокотехнологичной помощи детям, подросткам и беременным женщинам с сахарным диабетом.

В 2013 году на базе детского эндокринного отделения организован «Центр репродуктивного здоровья мальчиков-подростков», где проводятся исследования по выявлению, диагностике и профилактике репродуктивных нарушений у мальчиков, начиная с препубертатного возраста.

Основные результаты исследований внедряются в практику и используются в лечебно-диагностической работе поликлинических и клинических отделений ФГБУ «РНИИАП», г. Ростова-на-Дону и Ростовской области, ЮФО и СКФО, практической и теоретической работе учебного центра подготовки кадров высшей квалификации и симуляционно-аттестационного центра II уровня ФГБУ «РНИИАП» Минздрава России, в лекционных курсах и при проведении семинарских и практических занятий с клиническими ординаторами, интернами и врачами-неврологами Южного федерального округа на кафедре неврологии и нейрохирургии с курсами мануальной терапии и рефлексотерапии факультета повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов РостГМУ.