Первым научно-лабораторным подразделением института (1938 г.) стал экспериментально-биологический сектор, в создании которого  принимал участие академик РАМН Н.А. Рожанский. Впоследствии на базе сектора в начале 50-х годов была создана биохимическая лаборатория, работу которой возглавила профессор Д.С. Запрудская. В лаборатории начались исследования особенностей различных видов обмена веществ (энергетического, углеводного, нуклеинового, пуринового) у женщин с осложненной беременностью и у детей при эндокринной патологии, сепсисе и пневмонии. Большой цикл биохимических разработок был связан с выяснением механизмов привычного невынашивания беременности неясного генеза и бесплодия. Для расширения возможностей изучения патогенеза заболеваний матери и ребенка в работу лаборатории всего лишь за несколько лет было внедрено более 50 современных методов исследования. Ученики Д.С. Запрудской  работали и работают в Ростовском медицинском университете,  Ростовском государственном университете,  Азово-Черноморском НИИ рыбного хозяйства, Противочумном и Гидробиологическом институтах.

 

С 1983 года руководителем лаборатории, в 1989 г. реорганизованной в лабораторный отдел, а в 1998 г. – отдел медико-биологических проблем в акушерстве, гинекологии и педиатрии стала д.б.н., профессор Т.Н. Погорелова.

 

Она продолжила основные разработки, выполненные под руководством Д.С. Запрудской, и развила их в соответствии с новыми достижениями молекулярной биологии и медицины, и актуальными проблемами акушерства, гинекологии и педиатрии. Под ее руководством и при консультировании защищены 23 кандидатские и 3 докторские диссертации.

 

В 2015 году на базе отдела создана лаборатория протеомного анализа, в которой с помощью двумерного гель-электрофореза и масс-спектрометрии проводятся исследования биологических жидкостей и репродуктивных тканей, позволяющие выявлять белки-маркеры патологических состояний и в сочетании с алгоритмами биоинформатики разрабатывать приоритетные способы прогнозирования и диагностики гинекологических заболеваний, осложнений беременности, состояния плода и новорожденного.